Notice bibliographique

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Type(s) de contenu et mode(s) de consultation : Texte : électronique

Auteur(s) : Cerami, Ethan  Voir les notices liées en tant qu'auteur

Titre(s) : XML for bioinformatics [Texte électronique] / Ethan Cerami

Publication : New York : Springer, cop. 2005

Description matérielle : 1 online resource (xv, 304 pages)

Note(s) : Includes bibliographical references (pages 285-289) and index
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XML, or Extensible Markup Language, is rapidly becoming a critical tool in bioinformatics and biological data exchange. XML is currently used to represent a diverse set of biological data, from nucleotide and protein sequences to protein-protein interactions and signal transduction pathways. XML is also used in a wide array of bioinformatics applications, including stand-alone applications, federated database systems, distributed applications, and web services. The goal of XML for Bioinformatics is to provide a solid introduction to the emerging use of XML in the field of bioinformatics. It assumes no prior knowledge of XML, and illustrates all core concepts with specific bioinformatics examples and case studies. Core XML concepts include: fundamentals of XML, Document Type Definitions (DTDs), XML Namespaces, XML Schema, XML parsing in Perl and Java, web services and SOAP. Examples and case studies are drawn from a wide range of bioinformatics applications, including the Bioinformatic Sequence Markup Language (BSML), NCBI E-Fetch, the Distributed Annotation System (DAS), and the National Cancer Institute Cancer Bioinformatics Infrastructure Objects (caBIO) project. A companion web site, available at: http://www.xmlbio.org/, provides complete access to all examples in the book


Sujet(s) : XML (langage de balisage)  Voir les notices liées en tant que sujet
Bioinformatique  Voir les notices liées en tant que sujet
Informatique  Voir les notices liées en tant que sujet


Numéros : ISBN 9780387274782

Notice n° :  FRBNF44641769 (notice reprise d'un réservoir extérieur)



Table des matières : To XML for Bioinformatics ; Fundamentals of XML and BSML ; DTDs for Bioinformatics ; XML Schemas for Bioinformatics ; Parsing NCBI XML in Perl ; The Distributed Annotation System (DAS) ; Parsing DAS Data with SAX ; Parsing DAS Data with JDOM ; Web Services for Bioinformatics.

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Document numérique : 

1 partie d'exemplaire regroupée

ACQNUM-23535
support : document électronique dématérialisé